Dans sa décision, le Conseil Constitutionnel est clair : “L’article VII des articles organiques des cultes protestants de la loi du 18 germinal an X relative à l’organisation des cultes est conforme à la Constitution.”

La loi de séparation des Églises et de l’Etat de 1905 n’est pas applicable dans le Bas-Rhin, le Haut-Rhin et la Moselle qui restent régis par la loi du Concordat de 1801, signé entre Napoléon Bonaparte et le Pape Pie VII. Dans ces 3 départements  prêtres, pasteurs, rabbins… sont rétribués par l’Etat selon une grille indicielle comme n’importe quel fonctionnaire.
A titre indicatif, dans le reste du pays, la rémunération des prêtres financée par le denier du culte, quêtes, offrandes et donations varie de 800 à 1000 € /mois.

En 2006, dans son rapport, la Commission de réflexion juridique sur les relations des cultes avec les pouvoirs publics précise : ” En Alsace-Moselle, comme ailleurs en France, l’État est neutre et indépendant des cultes, ce qui signifie qu’il n’a pas d’opinion religieuse et que les religions n’ont pas, de leur côté, d’emprise sur les pouvoirs publics.l’État est neutre et indépendant des cultes, ce qui signifie qu’il n’a pas d’opinion religieuse et que les religions n’ont pas, de leur côté, d’emprise sur les pouvoirs publics.”
Cependant, L’APPEL, Association Pour la Promotion et l’Expansion de la Laïcité, estime que cette spécificité n’est pas compatible avec le principe de laïcité qui prévaut sur le reste du territoire français. D’après l’association, ces traitements représenteraient un budget annuel de 58 millions d’euros. 
Pour des raisons de techniques juridiques, seuls les protestants étaient visés par la requête de l’association mais si le Conseil Constitutionnel avait donné raison à l’APPEL, cette décision aurait eu des répercussions sur les 4 cultes (catholique, luthérien, réformé et israélite) reconnus par le droit local en Alsace-Moselle.
A noter que le culte musulman n’a pas à ce jour, le statut de culte reconnu et ce bien que le sujet soit régulièrement évoqué, comme en 2006 avec une proposition de loi de François Grosdidier, alors député de Moselle visant à intégrer le culte musulman dans le droit concordataire.